万历三十七年，舒尔哈齐访问北京后，没有回建州，而是直接到清原准备自立。
《清太宗实录》记载：万历三十七年，“二贝勒父子欲擅离我国，往据一方自立，我皇考劝之不听，法难宽宥，祗以亲弟之故，宥而不诛。”很明显舒尔哈齐这是要走张国焘“搞自立，对抗中央”的老路。
面对这股分裂势力，如不采取果断措施，加以制止，任其蔓延和发展，不仅会导致建州内部的分裂，甚至会演变成内战，起兵以来二十年千辛万苦取得的成果将付之东流。
于是努尔哈赤采取了雷霆手段，没收了舒尔哈齐的家产，诛杀参与谋划自立的长子阿尔通阿和三子扎萨克图。又将舒尔哈齐的得力干将武尔坤点了天灯。仍不肯罢手，欲杀阿敏，好在皇太极领诸兄弟全力劝谏，阿敏才躲过一劫。在肃清了舒尔哈齐的党羽之后，努尔哈赤便将其囚禁。
万历三十七年八月，达尔汉巴图鲁贝勒舒尔哈齐薨。年四十八。子六人。长阿敏、次扎萨克图、次图伦、次寨桑古、次济尔哈朗、次篇古。其实舒尔哈齐生有九子，在清实录记录的只有六子，特别是阿敏和济尔哈朗后来就封了爵，掌了旗。
舒尔哈齐怎么死的，已经不重要了，也无从考证，恐怕永远是个谜！
努尔哈赤赢了才重要，他牢牢掌握了兵权，他可以毫无顾忌的对外征伐，开疆拓土，完成统一大业。
为了权利父子相杀，兄弟相残，数不胜举，下手之时连眼都不带眨的，一直杀到现在。
前闻李世民，后见金叁胖。古有玄武门，今在吉隆坡。
