当李由校穿越成为明朝天启皇帝朱由校后，他在第一时间就想到了改革。经过后世无数网文和史料的狂轰滥炸，朱由校很想采取大刀阔斧的方式进行改革，却发现如果真这么做了，大刀阔斧就会落在自己脑袋，先被别人把自己的命给革了。
自己的后妃被人无端囚禁，表面看是因为张裕妃个性太直得罪了客氏，实际原因则是张嫣张皇后没有儿子。万一张裕妃生下了皇子，那么明朝皇室又将陷入皇位的嫡庶之争，于是保皇派下手了，为的就是保持住道义这一重要筹码，为自己谋取更多利益
保皇派尚且如此，还能指望那些所谓的东林和齐楚浙三党？而且这些朝廷的政治势力，似乎对于谋害皇的性命，根本没有心理负担。在他们眼中，皇就是用来谋取利益的挡箭牌，一旦这个挡箭牌碍事了，他们有的是办法让皇非正常归天，然后再选一个皇了事
因此朱由校根本不敢相信宫中的任何一个太监宫女，就算皇后做的饭难吃到极点，他也坚持不吃宫中的任何东西。为了给自己找到合适的侍卫，他不惜得罪锦衣卫撤换所有护卫，并另外迎娶张凤仪为后妃，进而得到实权武将的支持。
这算是朱由校初步改革中较为成功的一步，也不太被朝中大臣所重视。但好歹自己的命能保住了，不然鬼才知道自己会不会死于什么乱七八糟的事情。而这件事能成功的原因，在于成本低，影响小，利益牵扯不大。但是朝堂的人事、经济、施政等改革，困难重重。
…………………………………………………………………………………………
朱由校虽然掌握了吏部，户部和工部的尚书之位，却根本得不到其余官员的支持。三部的任何事宜，到最后都会变成扯皮。不胜其扰的朱由校，干脆在科学院成立了秘书部，专门负责处理这些破事，相当于变相与朝臣达成妥协，大家继续混着日子过。
既然朝堂得不到支持，朱由校便决定通过科学院来施展自己的计划。他不惜动用一切力量，将科学院建设成一个世界最顶尖的存在，以此达到对于人才和资源的虹吸效应，间接改变明朝原有的经济与朝堂格局。
但这个改变不仅需要时间，更需要科学院能有拿得出手的成果。这个成果并非是什么跨时代的科学技术，而是最简单的粮食和钢铁。这是明朝南方的经济和政治势力，控制北方朝政的根本所在。
有了足够的粮食，北方就能摆脱对于南方的依赖有了足够的钢铁，京城军队就能不再被南方豪强所挟持。有了兵精粮足的军队作为支撑，北方就能彻底对南方说不，也为日后北方产品在南方进行倾销保驾护航。很多时候，刀剑比道理更加实用。
为了这个目标，朱由校不惜冒着生命危险御驾亲征，就是为了得到河套之地。与其和南方商人讨价还价，不如开辟新的粮食产区，从根本断了南方土老肥的念想。
当然，朱由校为此付出的成本，就是将蒙古人放进关内，并且还要祈祷蒙古人不要趁机捣乱，后金不也会趁机攻城略地。而且他也知道，等他回到京城，没有从中捞到好处的朝廷官员会是如何愤怒，必定采取各种方式反对，到时候头疼的事还多。
这些官员敢于明目张胆地威胁皇，所依仗的就是两点。其一，自从明武宗以后，明朝皇帝再无战争功勋，可以作为压制群臣的手段其二，明朝军队的私兵化，实际让皇帝与将领的关系，进入到了一个很微妙的阶段。皇实际成了一个空头司令。
朱由校作为后来者自然明白，一个帝国的皇帝不能掌握军队意味着什么朝廷将领无法指挥地方军队意味着什么。而一个帝国，如果过于依赖某几个大将，那帝国离崩溃也就不远了。因此朱由校又开始了对于明朝军制的改革。
………………………………………………………………………………
站在后世的角度来看，明朝现行军制的弊端太多，朱由校想要改革的想法也由来已久。他曾经写了无数方案，但后来都揉成了一团废纸。不是不想改，而是不能改。不能改的原因很简单，没钱。
朱由校穿越后，曾计划组建彪悍的龙骑兵部队，重现成祖时期大汉骑兵的辉煌。狂热的骑兵达人猛如虎，对皇的英明决策高举双手赞成，于是迫不及待地扳着手指头，给朱由校算过一笔账，可怜的大明天子当时就晕菜了：
一匹军马的价格是八十两，便宜伺候一匹军马每年所需是三十两白银，不贵一个骑手全身的装备，价值白银一百五十两，不多。算下来，一个骑兵每年才花费二百六十两银子，太值了。组建一个万人骑兵队，按照一人三马计算，初期也就花费四百二十万两银子，以后每年也就是再花百十万两银子的小事。
皇您刚才说的十万人骑兵计划，小的认为极有魄力，应该立刻实施…额对了，小的还没给您算马夫和随行仆从的钱，俺再算算啊，好像还忘记了草场的事。哎，皇，您憋走啊…
……………………………………………………………………………………………
组建大规模骑兵的道路被封死后，朱由校又想到了组建纯火枪部队。既然骑兵部队是个烧钱的东西，弄个几十万人的火枪队还是可以的吧。想想都激动，几十万只火枪一起开火的场景，必定惊天动地遮蔽日月。
可后来找到兵器局的账本一翻，朱由校又傻眼了。单纯制作一只火枪的成本确实不高，不到五两银子。但一只新枪用于作战，最多两个月就需要更换枪管，否则就会炸膛。因此明军火枪部队的战斗力，一直以来都让人扼腕，无他，根本没钱进行太多的训练。
当然，解决枪管制造的问题也不是没有办法，那就是出大价钱铸造精钢枪管。结果就是，一只原本价格不到五两的火枪，价格会直线蹿升到十五两银子甚至更高。如果再算后期的训练和保养费用，又是一笔天文数字。况且，明朝根本没有那么多精钢用来造枪。
戚继光的部队，算是明军精锐中的精锐，其热兵器装备占比高达五成以，在整个明军队伍中只有神机营可以媲美。可是，连国库都无法养活这样的军队，因此戚继光的部队人数，一直不多。被定义为戚家军丝毫没错，因为那是戚大帅拿出自己的血本养活的…
就算有了巨额资金用来造枪，明朝的精钢产量也足以支撑。那么明朝低劣的枪支保管水平，以及黑火药对于枪管的严重腐蚀问题，依然是火枪队的重大隐患。另外，明朝小作坊工业体系下，全国工匠就算累成狗，都无法满足大量火枪的维护修理与天量的火药需求。
现在的热兵器，不仅发展太慢攻击威力有限，而且受制于后勤保障等多重因素，一直无法大面积推广，不足以从根本颠覆冷兵器的统治地位。而冷兵器在目前依然能占据统治地位，靠的就六个字：便宜简单实用。
骑兵耗费巨额资金，给国家财政带来沉重负担，而且轻易还不敢使用，没有战事之时就只能白养着，这让向来精明的明军将领很是痛心，军马不能耕地啊…
火枪的威力巨大，但是高企的炸膛率、布朗运动5的射击精度和相对专业的保养要求，让火枪兵几乎沦为一个鸡肋兵种，兵书和影视剧的描写的情节，朱由校从来没见过。
相比之下，步兵就简单多了，一个士兵每年消耗最多五两银子，这还不包括被军官克扣的部分。遇见打仗了，每人发一把价值白银几钱的破烂军刀了事。至于训练，基本没有的事。士兵死光了也无所谓，重新招募便是，没见两条腿的人，在大明都泛滥成灾了…
……………………………………………………………………………………
正是因为骑兵和火枪兵所费巨大，但是产生的实际效用有限，因此明军之中步兵的比例，一直以来都保持相当高的水准。而冷兵器作战时代，步兵中的猛将及精锐部队的作用不言而喻，这也为成为明军各级将领，肆无忌惮发展私兵的基础和依仗。
将领发展私兵的传统，可以追溯至三国时期甚至更早。其中，关二爷的五百校刀手和高顺的八百陷阵营，一直是私兵中神一般的存在。因此，历代封建王朝对于私兵一直持包容态度，对于拥有强悍私兵的将领，王朝统治者的忍耐度极高，历史的诸多悲剧皆由此而起。
对于朱由校来说，私兵这件事必须处理，那怕触及军队高层的核心利益，他也必须强硬推行改革，他绝对不允许自己麾下的将领拥有私兵。军队只能属于明朝国家所有，听命于皇帝一人。他坚决奉行枪杆子里出政权，这一亘古不变的真理。他必须有自己的强军。
只是朱由校根本没有想到，任何一个封建王朝，其一支万人强军的形成，付出的代价之高昂，远非他想象的那么简单。有时候，高成本并不一定带来高回报。
