三天之后，在朱由检的大力推动下，“秦川学院”在秦王庄成立了。与小学不同的是，这座学院没有固定的校舍，课堂就设在最热闹的街市上也没有固定的学生，谁愿意听课就可以随便听更没有像这个时代的私塾、书院一样收取任何费用。
而最让老百姓感到好奇的，则是两位授课的教师，因为他们均是高鼻深目、卷发白肤的番邦人。但是这两人汉语说得极为流利，又有深受百姓爱戴的秦王亲自出席第一堂课，这个热闹谁不想看，因此他们刚一出现在街头，就被围了个里三层外三层。
第一堂课是世界地理，由汤若望主讲。汤若望便在用作黑板的木架子上铺开一张世界地图，先从“地球是圆的”讲起，再介绍五大洲、四大洋，最后讲到中国在世界上的位置，以及中国周围有哪些国家。
大多数老百姓听得目瞪口呆，以为是荒诞不经之谈。因为自古以来，中国人就相信“天圆地方”，中国位于大地的正中央。如今这洋人却说世上之人都住在一个大圆球上，那圆球另一面的人岂非要大头朝下、掉将下去？
只有郑森等出过海的水手，因为有过亲身体验，才对“地球”这个概念恍然大悟。其中更有些到过南洋的，汤若望所言诸如安南、真腊、暹罗、占城、苏门答腊、爪哇、三佛齐、渤泥国等地，他们都亲身去过。此时再从地图上印证，方知中国并非“中土”，而只是更广阔世界的一部分罢了。
见听课的百姓大多不信，汤若望不禁有些沮丧。朱由检为了给他打气，也为了竖立“秦川学院”在百姓中的威信，便亲自上阵，举着教鞭讲道：“各位父老，汤若望先生所言字字属实。本王以后会造很多大船，只要你们有人感兴趣，愿意乘船出海去看这个世界，你们终会到达地图上的这些地方。而且这张地图还并不完备，仍有许多未知和空白之处，等着人去填补。本王希望这个人是我们大明人，而不是番邦人。你们谁有这样的志向？”
秦王庄的百姓对朱由检早就奉若神明，他一发话，不管能不能理解得了，全都轰然应诺。不过朱由检看得出来，大多数人对外面的世界并不关心，他们关心的还是身边的人和事。只有少数年轻后生，被这个新鲜的世界和朱由检的话语所打动，脸上露出了专注和向往的神情。
这一点倒也在朱由检的意料之中，因为从蒙昧到文明之间的这个“启蒙”阶段是最难的，心急吃不了热豆腐。哪怕现在一百个人里只有一个人能受到启发，开始思考自己的生活小圈子以外的事情，他也就算成功了。
第二堂课是世界历史，由马尔蒂尼主讲。朱由检正想听听他如何讲这么大的题目，却见马尔蒂尼在木架子上摊开一幅画作。众人见了纷纷惊呼道：“这不是秦王千岁么？”
朱由检一看，也对马尔蒂尼大为敬佩。原来这竟是一幅油画，画上之人就是自己。只见自己正手握佩剑，骑在奋蹄疾驰的骏马上，似是在参加一场激烈的战斗，神态栩栩如生。
因为中国的国画是以写意为主，老百姓们从未见过能画得与真人一模一样的油画，此时皆是交口称赞，艳羡不已。
这时马尔蒂尼才从油画讲起，逐渐讲到文艺复兴“三杰”达芬奇、米开朗琪罗和拉斐尔，又巧妙地转到了古罗马历史。这可比汤若望的高明多了，听众们听得如痴如醉，直到正午时分仍不肯散去。
朱由检见学院顺利地开了课，两位传教士很快进入角色，这才悄悄地退出人群。在他的计划中，秦王庄小学只是教会人们识字和简单的加减乘除，满足日常生活的需要而这所秦川学院则要承担起相当于前世的中学和大学的责任，为中国培养一批掌握现代科技文化知识的人才。
在这座学院里，世界地理和世界历史只是最基础的，今后还要开设数学、天文、物理、生物、葡萄牙语、英语、建筑等课程。这些课程就不是谁都有兴趣、谁都能学得会的了，所以朱由检才不设专门的教室，而在最热闹的街市上公开授课，以期能在更广阔的范围内选拔人才。
当然，朱由检也组织了一批“必修”的学生，这里面就包括郑森和他的水手们，以及一些黄海商帮的伙计。原因也很简单，朱由检需要他们尽快学会葡萄牙语，在自己和葡萄牙公爵若昂会面以后，尽快与葡萄牙人开展贸易，甚至是在葡萄牙人的协助下建立海军。
当秦川学院大张旗鼓地在城内公开授课时，“秦兵军事学院”也于同日秘密地成立了。校长由戚美凤担任，这也是朱由检早就答应她的。
第一批学员是一团副连级以上军官，他们已经从鄜州返回了秦王庄。这些军官都参加过实战，本身有一定军事素质，但缺点也同样很突出：文化水平较低，打仗多凭着经验与勇敢，熟悉的兵种与装备较为单一，并且没有碰上过真正的强敌。
像这种水平，对付同样半吊子的流贼问题不大，偷袭蒙古人也还凑合，可要对付战斗力强悍、组织严密的后金军，恐怕就凶多吉少了，更不要说像荷兰人和西班牙人这样的“现代化”军队。
所以朱由检交给自己的令妃戚美凤的任务也很重。首先要让学员们系统地学习古今中外的军事着作，尤其是孙子兵法、武备志与纪效新书，并且讲解古今中外着名的战例。
其次要让他们每个人都熟悉秦兵的所有兵种，就算他现在不是那个营的，也要有足够的了解。这一是为了让军官们成为多面手，以便在军官空缺时可以有人随时顶上二是为了增强各兵种之间的协同作战能力。
再者就是向他们详细讲解女真人和倭寇的作战特点，这一点戚美凤比谁都有发言权。学习内容还包括军事地理，也就是辽东、登莱等地的地形，因为秦兵迟早都要走上这个战场。
而军事学院的重点课程就是兵棋推演，也就是大家集体探讨在某一战场、某种情况下，如何与后金作战。
第一次兵棋推演，朱由检亲自参加，推演的内容就是假设后金现在又一次大举进犯。众军官讨论的气氛十分热烈，不过多是拘泥于宁远、锦州一带的攻防战。朱由检便趁机说出了自己最大的担心：“如果本王是贼酋皇太极，仅以少量兵力做为疑兵佯攻宁锦，主力部队却绕道蒙古草原，翻越燕山直扑京师，诸位如何应对？”纪效新书，并且讲解古今中外着名的战例。
其次要让他们每个人都熟悉秦兵的所有兵种，就算他现在不是那个营的，也要有足够的了解。这一是为了让军官们成为多面手，以便在军官空缺时可以有人随时顶上二是为了增强各兵种之间的协同作战能力。
再者就是向他们详细讲解女真人和倭寇的作战特点，这一点戚美凤比谁都有发言权。学习内容还包括军事地理，也就是辽东、登莱等地的地形，因为秦兵迟早都要走上这个战场。
而军事学院的重点课程就是兵棋推演，也就是大家集体探讨在某一战场、某种情况下，如何与后金作战。
第一次兵棋推演，朱由检亲自参加，推演的内容就是假设后金现在又一次大举进犯。众军官讨论的气氛十分热烈，不过多是拘泥于宁远、锦州一带的攻防战。朱由检便趁机说出了自己最大的担心：“如果本王是贼酋皇太极，仅以少量兵力做为疑兵佯攻宁锦，主力部队却绕道蒙古草原，翻越燕山直扑京师，诸位如何应对？”
