樊稠死了以后，大家已经不再是好兄弟了，虽然李傕的势力依然强大，可是已经没有人再听他的了，谁也不想再做下一个樊稠。尽管郭汜以前和李傕的关系非常好情同兄弟，尽管以前他们俩天天喝酒，但郭汜也不想当第二个樊稠，于是他们俩的关系很快就不好了，然后他们开始互相猜忌，接着他们俩动起了手，结果在长安城内冲突爆发了。
由于相互之间知己知彼，李傕虽然占优势，但郭汜也不是很吃素的，两个人在长安城内连续交战数月，死了有上万人。李傕为了对抗郭汜，任命贾诩为宣义将军，来帮助自己。这个时候西凉军的安西将军杨定因为樊稠的事非常害怕李傕也对他动手，就与郭汜合谋想劫持汉献帝到自己的营中，但计划被人泄漏给了李傕，李傕抢先下手，派侄子李暹劫持汉献帝到自己营中，郭汜随后劫持了汉献帝派来劝和的公卿，二人继续交战。李傕控制了汉献帝以后干脆封自己为大司马，位在三公之上，以表示自己在西凉军里的地位仍然稳若磐石，可惜西凉军的其他将领们并不在意。
李傕杀死樊稠之后，他的不少部下也对其不满。在双方的一次交战中，郭汜便联合李傕部下的张苞攻营，李傕方军势不利，李傕的耳朵更是被乱矢击穿，李傕部下杨奉见势引兵前来救援，将郭汜军击退。后来杨奉也开始不满李傕，便与军吏宋果等人合议谋杀李傕，不料事情泄露，宋果被杀，杨奉于是引兵反叛李傕，这一定程度上削弱了李傕的实力。到了兴平二年六月（195）的时候，张济也看不下去了，于是他带兵返回长安，一方面想把天子接到弘农，一方面想调解李傕和郭汜之间的矛盾。
最终李傕和郭汜答应和解，想各自交换儿子作人质，但李傕的妻子十分爱护自己的儿子，不愿交换，和计未定。后李傕答应各自交换女儿作人质，双方和解。
这个时候汉献帝也在长安受够了，他也不想在长安再呆下去了，张济希望汉献帝东迁，献帝也想回洛阳，经过张济、贾诩等人的说和，李傕也不想得罪那么多人，于是最终决定放过汉献帝。
同年七月，汉献帝出长安东归，李傕引兵出屯池阳，张济、郭汜以及原董卓部下杨定、杨奉、董承皆随天子车驾东归，汉献帝以张济为骠骑将军，开府如三公；郭汜为车骑将军，杨定为后将军，杨奉为兴义将军。皆封列侯。又以董承为安集将军。沿途诸将屡有争端，发生了很多的事情，简直是一团糟。
到达新丰的时候，郭汜突然反悔，又想把献帝胁迫到郿城,控制在他的手中。但杨奉、杨定等人不予理会，双方交战，郭汜战败逃走。
杨定与宁辑将军段煨不和，在献帝车驾进至弘农郡华阴县的时候，他联合同党种辑、左灵诬蔑段煨谋反，于是率兵进攻段煨的大营，久攻不克。李傕与郭汜此时也因为把汉献帝放走而后悔了，两人便以救援段煨为借口，带兵来夺回汉献帝，张济与杨奉、董承等人不和，于是率军返回与李傕、郭汜联合，大败杨定等人。郭汜甚至命令自己的部下伍习焚烧学舍以威逼汉献帝。此战死亡的百官、士卒不可胜数，女眷辎重，皇室的各种器物典籍全部被丢弃。杨定本欲回蓝田，但为郭汜军所阻，转为出逃荆州，自此下落不明。
王师大败之后，杨奉和董承为了拖延时间假装向李傕等人求和，暗地里派遣使者前去河东郡招纳白波军将领李乐、韩暹、胡才以及南匈奴右贤王去卑，得到数千骑兵，凭此大破李傕等军。献帝车驾得以继续东进，董承、李乐护卫左右，杨奉则与胡才、韩暹、去卑断后保护献帝车驾。
但李傕、郭汜、张济等人也不是吃干饭的，他们开始输了不过是因为大意麻痹，几人重整部队后于十二月再次追了上来，双方大战于弘农东涧。王师再次惨败，百官又一次惨遭大规模的杀戮。但幸运的是河内郡太守张杨后来也加入了护卫车驾的行列，他带来了众多的补给，河东太守王邑也献钱粮布匹，使得汉献帝能继续东归。行至安邑县，献帝派遣太仆韩融至弘农郡，向李傕、郭汜等人求和。李傕、郭汜、张济等人虽然依然不想放弃，但汉献帝东归之心十分坚定，不得已他们放还百官，归还了一众御用器物，后来也在没有对汉献帝进行过追击。
李傕、郭汜放弃了但并不代表路上就没事儿了，护送献帝的诸位将领又开始出现矛盾，互相争权夺利，韩暹更是领兵进攻董承，董承投靠张杨，张杨让董承前去修缮洛阳的宫殿。建安元年七月（196）汉献帝最终得以安全地返回了洛阳。杨奉和张杨出屯护卫洛阳，董承则和韩暹留在京中守卫皇宫，并因功升任卫将军，杨奉被汉献帝拜为车骑将军，并得以假节钺，张杨回到了野王，被拜为大司马。但将领间的矛盾并没有减弱，不久董承为了对付韩暹便和外面的诸侯相勾结，秘召兖州牧曹操勤王，曹操于是入朝进贡，当然这已经是另外一个故事了。
汉献帝离开长安返回洛阳标志着西凉军集团的影响力进一步减弱，董卓一手创立的西凉军集团已经走向了末路。
建安二年（197）郭汜被自己的部将伍习杀死，余部被李傕兼并。同年十月，曹操派谒者仆射裴茂率领关西诸将段煨等讨伐李傕。
建安三年（198）四月，李傕退守黄白城，被张横、梁兴等击败斩首，曹操下令夷灭三族。首级献给曹操后，汉献帝命令高挂在许都示众，表达他对李傕的强烈痛恨。
李郭二人死后，虽然还有其他的西凉军将领在世，但西凉军作为一个整体已经不复存在。以马腾和韩遂为首的凉州军阀随后接收了西凉军的势力和地盘。
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