秦朝郎中令赵高仰仗着受皇帝恩宠而专权横行,因报他的私怨杀害了很多人,因此恐怕大臣们到朝廷奏报政务时揭发他,就劝二世说:“天子之所以尊贵,不过是因为群臣只能听到他的声音,而不能见到他的容颜罢了。况且陛下还很年轻,未必对件件事情都熟悉,现在坐在朝廷上听群臣奏报政务,若有赏罚不当之处,就会把自己的短处暴露给大臣们,似此便不能向天下人显示圣明了。所以陛下不如拱手深居宫禁之中,与我和熟习法令规章的侍中们在一起等待事务奏报,大臣们将事务报上来才研究处理。这样,大臣们就不敢奏报是非难辨的事情,天下便都称道您为圣明的君主了。”二世采纳了赵高的这一建议,不再坐朝接见大臣,常常住在深宫之中,赵高侍奉左右,独掌大权,一切事情都由他来决定。
赵高听说李斯对此不满而有非议,便去会见丞相李斯说:“关东地区的盗贼纷纷起来闹事,现在皇上却加紧增征夫役去修建阿房宫,并搜集狗马一类无用的玩物。我想进行规劝,但因地位卑贱不敢言。这可实在是您的事情啊,您为什么不去劝谏呢?”李斯道:“本来是该如此啊,我早就想说了。但如今皇上不坐朝接见大臣听取奏报,经常住在深宫中,我所要说的话,不能传达进去,而想要觐见,又没有机会。”赵高说:“倘若您真的要进行规劝,就请让我在皇上得空的时候通知您。”于是赵高等到二世正在欢宴享乐、美女站满面前时,派人通告李斯:“皇上正有空闲,可以进宫奏报事情。“李斯即到宫门求见。如此接连三次。二世大怒道:“我常常有空闲的日子,丞相不来。我正在闲居休息,丞相就来请示奏报!丞相这岂不是轻视我年幼看不起我吗?”赵高便趁机说道:“沙丘伪造遗诏逼扶苏自杀的密谋,丞相参与了。现在陛下已立为皇帝,而丞相的地位却没有提高,他的意思也是想要割地称王了。而且陛下若不问我,我还不敢说,丞相的长子李由任三川郡守,楚地盗贼陈胜等都是丞相邻县的人,因此这些盗贼敢于公然横行,以致经过三川城的时候,李由只是据城防守不肯出击。我听说他们还相互有文书往来,因尚未了解确实,所以没敢奏报给陛下。况且丞相在外面,权势比陛下大。”二世认为赵高说得有理,便想查办丞相,但又怕事实不确,于是就先派人去审核三川郡守与盗贼相勾结的情况。
李斯听说了这件事,即上奏书揭发赵高的短处说:“赵高专擅赏罚大权,他的权力跟陛下没有什么区别了。从前田常当齐国国君简公的相国,窃取了齐简公的恩德威势,下得百姓拥戴,上获群臣支持,终于杀掉了简公,夺取了齐国,这是天下周知的吏事啊。如今赵高有邪恶放纵的心意,阴险反叛的行为,他私家的富足,与田氏在齐国一样,而又贪得无厌,追求利禄不止,地位权势仅次于君主,**无穷,窃取陛下的威信,他的野心就犹如韩当韩国国君韩安的相时那样了。陛下不设法对付,我怕他是必定会作乱的。”二世说:“这是什么话!赵高本来就是个宦官,但他却从不因处境安逸而放肆地胡作非为,不因处境危急而改变忠心,他行为廉洁向善,靠自己的努力才得到今天的地位。他因忠诚而得到进用,因守信义而保持职位,朕确实认为他贤能。但您却怀疑他,这是为什么呢?而且朕不依靠赵高,又当任用谁呀!何况赵高的为人,精明廉洁、强干有力,对下能了解人情民心,对上则能适合朕的心意,就请您不要猜疑了罢!”二世非常喜爱赵高,唯恐李斯把他杀掉,便暗中将李斯的话告诉了赵高。赵高说:“丞相所担心的只是我一个人,我死了,丞相就要干田常所干的那些事了。”
此时,盗贼日益增多,而秦朝廷不停地征发关中士兵去东方攻打盗贼,右丞相冯去疾、左丞相李斯、将军冯劫便为此提出规劝说:“关东群盗同时起事,秦朝发兵进剿,所诛杀的非常多,但仍然不能止息。盗贼之所以多,都是由于兵役、水陆运输和建筑等事劳苦不堪,赋税太重的缘故啊。恳请暂时让修建阿房宫的役夫们停工,减少四方戌守边防的兵役、运输等徭役。”二世说:“大凡所以能尊贵至拥有天下的原因,就在于能够为所欲为、极尽享乐,君主重在修明法制,臣下便不敢为非作歹,凭此即可驾驭天下了。虞、夏的君主,虽然高贵为天子,却亲自处于穷苦的实境,以为百姓献身,这还有什么可效法的呢?!况且先帝由诸侯起家,兼并了天下。天下已经平定,就对外排除四方蛮族以安定边境,对内兴修宫室以表达得意的心情,而你们是看到了先帝业绩的开创的。如今朕即位,两年的时间里,盗贼便蜂拥而起,你们不能加以禁止,又想要废弃先帝创立的事业,这即是上不能报答先帝,下不能为朕尽忠效力,如此你们凭什么占据着自己的官位呢?!”于是就将冯去疾、李斯、冯劫交给司法官吏,审讯责罚他们的其他罪过。冯去疾、冯劫自杀了,只有李斯被下至狱中。二世即交给赵高处理,查究李斯与儿子李由进行谋反的情况,将他们的家族、宾客全都逮捕了。赵高惩治李斯,笞打他一千余板,李斯不堪忍受苦痛,含冤认罪。
李斯之所以不自杀,是因为他自恃能言善辩,有功劳,实无反叛之心,而想要上书作自我辩解,希望二世能幡然醒悟,将他赦免。于是就从狱中上奏书说:“我任丞相治理百姓,已经三十多年了。曾赶上当初秦国疆土狭小,方圆不过千里,士兵仅数十万的时代。我竭尽自己微薄的才能,暗地里派遣谋臣,供给他们金玉珍宝,让他们去游说诸侯,同时暗中整顿武装,整治政令、教化崐,擢升敢战善斗的将士,尊崇有功之臣。故而终于能以此胁迫韩国,削弱魏国,击破燕国、赵国,铲平齐国、楚国,最终兼并六国,俘获了它们的国君,拥立秦王为天子。接着又在北方驱逐胡人、貉人,在南方戡定百越部族,以显扬秦王朝的强大。并改革文字,统一度量衡和制度,颁布于天下,以树立秦王朝的威名。这些都是我的罪状啊,早就应当被处死了!只是由于皇上希望我竭尽所能,才得以活到今日。故望陛下明察!”奏书呈上后,赵高却命狱吏丢弃而不予上报,并且说道:“囚犯怎么能上书!”
赵高派他的门客十多人假充御史、谒者、侍中,轮番审讯李斯,李斯则翻供以实情对答,于是赵高就让人再行拷打他。后来二世派人去验证李斯的供词,李斯以为还与以前一样,便终究不敢更改口供,在供词上承认了自己的罪状。判决书呈上去后,二世高兴地说:“如果没有赵君,我几乎就被丞相出卖了!”待二世派出去调查三川郡守李由的人抵达三川时,楚军已经杀死了李由。使者回来,正逢李斯被交给司法官吏审问治罪,赵高即捏造了李由谋反的罪证,与李斯的罪状合在一起,于是叛处李斯五刑,在咸阳街市上腰斩。李斯走出监狱时,与他的次子一同被押解,李斯便回头对次子说:“我真想和你重牵黄狗,共同出上蔡东门去追逐狡兔,但哪里还能办得到哇!”于是父子二人相对痛哭。李斯三族的人也都被诛杀了。二世便任命赵高为丞相,事无巨细,全由赵高决定。